De vereniging kent leden en een door de leden gekozen landelijk bestuur. Ieder lid wordt bij één van de negen afdelingen ingedeeld en kan daarbij kiezen voor de afdeling behorende bij de woonplaats of werkplek. Iedere afdeling kent een eigen afdelingsbestuur. De afdelingen hebben contact met leden binnen de JGZ-organisaties via de contactpersonen AJN.
De afdelingsbesturen zijn verantwoordelijk voor de gang van zaken binnen de afdeling. Zij ontvangen jaarlijks een budget, gebaseerd op het aantal ingeschreven leden.
De regionale afdelingen kunnen alle gegevens die ze op hun pagina willen plaatsen zoals bestuursinformatie, contactpersonen, notulen en dergelijke sturen naar website@ajnjeugdartsen.nl. Ook voor andere zaken kunt u de redactie van de website mailen: website@ajnjeugdartsen.nl.